1、設施土壤栽培由于常年的過量施肥、不合理的灌溉方式及不科學的種植模式，導致土壤次生鹽漬化嚴重、養分失衡、土傳病害嚴重、作物自毒物質積累，嚴重影響了作物的生長發育。
2、土壤的消毒和改良的工作不僅成本高，而且效果不理想，土壤連作障礙日益嚴重，甚至無法繼續種植。無土栽培可以從根本上解決土壤這類問題，在播種下一茬之前只需要一定的消毒措施，便可以繼續種植，并且不會因連作障礙問題的出現而降低生產效益。
3、節水省肥，省工省力。無土栽培根據作物不同時期的水肥需求，定量的供給，很大程度上減少了水肥的浪費，避免了水肥的流失、土壤吸附及微生物的固定，提高水肥的利用率。
4、無土栽培的耗水量大約僅為土壤栽培的1/4～1/10，是發展節水型農業的有效措施之一，尤其是對于半干旱干旱缺水地區意義重大；土壤栽培肥料的利用率約50%，甚至更低，50%以上的養分被損失浪費，而無土栽培尤其是封閉式營養液循環栽培，肥料利用率高達90%以上。
5、無土栽培的出現，使農作物的生產不再受土壤的約束，擺脫了傳統農業依靠土壤的生產模式，極大地擴展農業生產的利用空間。與一般土壤栽培相比較，無土栽培在設施園藝的結合下，根據作物的生長環境能積極合理將作物生長環境中的溫光水肥氣等調節到最適的程度，最大程度的發揮作物的生長潛力，作物生長速度快、長勢強。