水肥一體化無土栽培番茄，在肥水管理上可以節省勞力，在番茄產量、質量及效益上有所提高，更重要的是番茄的產量和品質能夠得到平穩保證。
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1、基地環境保護地：水肥一體化無土栽培，栽培設施全，環境好，栽培環境可控，能有效阻隔病蟲害侵染，沒有過渡期，可直接生產番茄；而一般土壤栽培，無栽培設施或設施不全，環境好但受環境影響大，難以控制病蟲害侵染。
2、水肥管理及病蟲害防控：保護地水肥一體化無土栽培技術，其水肥一體化,肥水均勻，操作簡便，省工，且病蟲害少，可人為措施控制，基地可以長期使用。而一般土壤栽培水肥均勻度難控制，操作麻煩，費工，且病蟲害多，難以人為控制，基地生產多年則病蟲害嚴重。
3、番茄的產量、品質及成本效益：保護地水肥一體化無土栽培生產的有機蔬菜產量高，平均在10000 kg 以上，品質好且穩定；一般土壤栽培的有機蔬菜產量偏低，平均為9000 kg，品質難以保證，且產量和品質也不穩定。
4、保護地水肥一體化無土栽培番茄與一般土壤栽培番茄在凈收益上有較大提高。由于保護地設施無土栽培能減少病蟲害侵染，即使是允許使用的農藥也很少用，而一般土壤栽培不能保證沒有病蟲害的侵染，很難做到絕對不施用農藥，并在很大程度上影響了番茄的產量和品質。
5、土壤栽培受環境及人為因素影響較大，故存在產量及品質的不穩定性。