技術要求高，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長階段對養分的需求不同，導致營養液的配置與管理需要有接受過技術培訓的專業人員完成，不能廣泛地被一般的勞動者所掌握．營養液配置時所用的專用化肥，市場上不易買到，并且價格高昂。
廢棄液存在污染環境的風險
無土栽培離不了營養液，與營養液配制相配套需一系列設備，如，測試系統、循環泵等，并且如果是開放式栽培技術，存在廢棄營養液硝酸鹽含量高，排放后易引起水體富營養化的危險；
缺乏專用品種的選育
由于無土栽培系統的特殊性，迫切需要選育滿足植物根系抗病害、耐低溫、弱光、優質、高產的實用型專用品種，不僅可以提高作物的產出率，還可以創新產品市場，豐富產品類別，如廣西壯族自治區棗樹矮化進行無土栽培。
政府的扶持力度不夠
目前國內出臺了很多惠民政策，其中就包括農機具補貼，但大多數省份就只有設施大棚有補貼，而實現無土栽培自動化及智能化所需要的智能溫室并不在扶持范圍內。